เรื่องย่อของ คุกกี้รัน คิงดอม ในอดีตดินแดนอันไกลโพ้น เมื่อความร้อนจากยุคเหล็กและไฟที่เริ่มมอดลง เหล่าสิ่งมีชีวิต(ที่น่าจะหมายถึงคุกกี้) ที่ถูกอบขึ้นโดยแม่มดก็มีอยู่กระจายไปทั่วมุมโลก วันหนึ่งก็ได้มีการปรากฏตัวของ คุกกี้ในตำนานทั้งห้า พร้อมกับ แยมจิตวิญญาณที่บริสุทธิ์ ด้วยสติปัญญาอันชาญฉลาด พวกเขาได้รวบรวมคุกกี้ทั้งหลาย และได้รับการสถาปนาเป็นผู้ครองอาณาจักร และเกิดเป็นยุคแห่งการฟื้นฟูอารยธรรม      แต่แล้ว! ความรุ่งเรืองก็คงอยู่ได้ไม่นาน เมื่อผู้นำความมืดปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับเงาแห่งความชั่วร้ายที่แผ่ขยายไปทั่วดินแดน และตกอยู่ในความวุ่นวายอีกครั้ง เหล่าคุกกี้ผู้กล้าทั้งห้าตัวลุกขึ้นสู่…